این وزارتخانه جمعه ۱۵ اسفند با اشاره به آنچه «شواهد موجود» خواند، از تهران خواست از «انکار بدیهیات» دست بردارد و عاملان این حمله را پاسخگو کند. در بیانیه وزارت دفاع آذربایجان تأکید شده است که ادعای مقام‌های جمهوری اسلامی مبنی بر احترام به حاکمیت کشورهای دیگر و انکار دخالت در حمله پهپادی، تحت هیچ شرایطی قابل قبول نیست.

در مقابل، ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی هرگونه شلیک پهپاد از خاک ایران به سوی آذربایجان را رد کرده و اعلام کرده است که تهران به حاکمیت کشورها، به‌ویژه کشورهای همسایه و مسلمان، احترام می‌گذارد. مقام‌های ایرانی همچنین احتمال داده‌اند که این اقدام توسط بازیگران دیگری برای ایجاد تنش میان کشورهای منطقه انجام شده باشد.

عباس عراقچی نیز اعلام کرد نیروهای نظامی جمهوری اسلامی شلیک هرگونه موشک یا پهپاد به سوی آذربایجان یا ترکیه را رد کرده‌اند و در حال بررسی این موضوع هستند که چه اتفاقی رخ داده است. او افزود ممکن است این حمله از «مکان‌های دیگر» انجام شده باشد یا حادثه‌ای غیرمنتظره رخ داده باشد، اما ایران قصد حمله به کشورهای همسایه را ندارد.

پس از این حادثه، دولت آذربایجان اقدامات دیپلماتیک و امنیتی تازه‌ای اتخاذ کرد. وزارت خارجه این کشور سفیر جمهوری اسلامی در باکو را احضار کرد و کابینه وزیران نیز اعلام کرد تردد کامیون‌ها و محموله‌های ترانزیتی در تمامی ایست‌های مرزی میان دو کشور تا اطلاع بعدی متوقف می‌شود.

الهام علی اف، رییس‌جمهوری آذربایجان، در واکنش به این حمله گفت عاملان این اقدام «پشیمان خواهند شد» و تأکید کرد تهران باید درباره این حادثه توضیح دهد و از آذربایجان عذرخواهی کند. او همچنین گفت کشورش در هیچ اقدام نظامی علیه ایران مشارکت نداشته و حتی در برخی موارد به تهران کمک کرده است، اما اکنون با اقداماتی «ناجوانمردانه» روبه‌رو شده است.

تنش‌ها پس از آن بالا گرفت که پنج‌شنبه ۱۴ اسفند چند پهپاد پرتاب‌شده از خاک ایران اهدافی را در نخجوان هدف قرار دادند. بر اساس گزارش‌ها یکی از پهپادها به ساختمان ترمینال فرودگاه بین‌المللی نخجوان برخورد کرد و پهپاد دیگری در نزدیکی مدرسه‌ای در روستای شکرآباد سقوط کرد. در این حادثه چهار غیرنظامی در نزدیکی فرودگاه زخمی شدند که بیشتر آنها پس از درمان سرپایی از مراکز درمانی مرخص شدند.