به نوشته رویترز، سپاه پاسداران مجتبی خامنه‌ای را گزینه‌ای مناسب برای ادامه سیاست‌های تندروانه جمهوری اسلامی می‌دانست و تلاش کرد نگرانی‌های برخی چهره‌های سیاسی و مذهبی را کنار بزند. این منابع گفته‌اند که مخالفت‌هایی در میان برخی روحانیون و سیاستمداران وجود داشت و همین موضوع باعث شد اعلام رسمی انتخاب او چند ساعت به تأخیر بیفتد.

گزارش رویترز همچنین می‌گوید با آغاز جنگ و افزایش نفوذ سپاه در ساختار قدرت، این نهاد توانسته است نقش پررنگ‌تری در تصمیم‌گیری‌های کلان کشور ایفا کند. به گفته منابع آگاه، سپاه پاسداران اکنون نفوذ بیشتری نسبت به گذشته در نظام سیاسی ایران دارد و انتخاب مجتبی خامنه‌ای می‌تواند به تقویت بیشتر این نفوذ منجر شود.

با وجود انتخاب او به عنوان رهبر جدید جمهوری اسلامی، مجتبی خامنه‌ای تا حدود ۴۸ ساعت پس از اعلام این تصمیم هیچ بیانیه‌ای منتشر نکرده است. این سکوت در حالی ادامه داشته که جنگ در ایران ادامه دارد و گزارش‌ها از کشته شدن بیش از هزار نفر در جریان درگیری‌ها خبر می‌دهند.

بر اساس گزارش‌ها، مجتبی خامنه‌ای ممکن است در جریان حملات آمریکا و اسرائیل که به کشته شدن پدرش علی خامنه‌ای انجامید، زخمی شده باشد. برخی رسانه‌های دولتی ایران از او با عنوان «جانباز جنگ رمضان» یاد کرده‌اند، اما وضعیت دقیق سلامتی او هنوز به طور مستقل تأیید نشده است.

مجتبی خامنه‌ای طی سال‌های گذشته بیشتر به عنوان چهره‌ای پشت‌پرده شناخته می‌شد که اداره دفتر پدرش و بخشی از شبکه قدرت در جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. با این حال برای بسیاری از مردم ایران همچنان شخصیتی کم‌تر شناخته‌شده محسوب می‌شود.

طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی، انتخاب رهبر بر عهده مجلس خبرگان رهبری است. اما منابع رویترز می‌گویند در این روند نیز سپاه پاسداران نقش مهمی ایفا کرده و با تأکید بر شرایط جنگی کشور خواستار انتخاب سریع رهبری شده است.

در نهایت این مجلس با کسب حد نصاب لازم رأی‌گیری را انجام داد و گزارش‌ها حاکی از آن است که حدود ۸۵ تا ۹۰ درصد اعضای حاضر از انتخاب مجتبی خامنه‌ای حمایت کردند؛ هرچند برخی اعضا به دلیل شرایط امنیتی یا مشکلات دیگر در جلسه حضور نداشتند.

برخی تحلیلگران معتقدند انتخاب مجتبی خامنه‌ای می‌تواند به تشدید سیاست‌های تندروانه جمهوری اسلامی در داخل و خارج از کشور منجر شود. به گفته آنان، نزدیکی او به سپاه پاسداران و حمایت این نهاد از رهبری‌اش ممکن است باعث شود نقش نظامیان در ساختار قدرت ایران بیش از گذشته افزایش یابد و جمهوری اسلامی بیش از پیش به سمت یک نظام با محوریت نیروهای نظامی حرکت کند.